La Copa Argentina siempre fue esquiva para San Lorenzo. Solamente disputó dos finales de las cuales una perdió contra Arsenal de Sarandí en 2013 y la otra, en 1970, cuando quedó desierto el campeonato al no jugarse nunca el partido de vuelta entre el Ciclón y Vélez. Ya las últimas ediciones de la Copa fueron un fiel reflejo del mal momento institucional y futbolístico que atravesaba el club. Perdió en más de una ocasión con equipos del ascenso y que, a priori, no debían presentar mayor dificultad para avanzar de ronda.
El debut en el torneo fue en 1969 y la instancia alcanzada fueron los cuartos de final, donde perdió contra Atlanta en un global de 2 a 1. Hay que recordar que, en las primeras dos ediciones, el formato de juego eran partidos de ida y vuelta y el campeón obtenía un boleto que te clasificaba automáticamente a la copa Ganadores de Copa: un torneo internacional de segundo orden que disputaban los campeones de las copas nacionales de Sudamérica, exceptuando a los que jugaban la Libertadores.
Al año siguiente el conjunto de Boedo alcanzó la final del torneo: después de empatar 2 a 2 en el partido de ida, ambos equipos no se pusieron de acuerdo en donde se jugaría la revancha. Para colmo, la Conmebol pasó a considerar al Ganadores de Copa un torneo amistoso. Esto colaboró para el desinterés en conseguir sede. No hubo campeón.
Se volvió a jugar recién en la temporada 2011-2012. El Ciclón alcanzó los cuartos de final, instancia donde cayó con River por 2 a 0. Al año siguiente, el equipo dirigido en aquel entonces por Juan Antonio Pizzi, realizó una excelente copa de la mano de un Ignacio Piatti que estaba en su mejor momento: Llegó hasta la final y perdió con Arsenal de Sarandí por 3 a 0.
Las siguientes tres ediciones no se logró pasar los cuartos de final. En 2014 tocó Defensa y Justicia en los octavos de final y fue derrota 2 a 1. Ya en 2015 fue eliminado por Racing luego de perder 2 a 1 y en 2016 con Gimnasia y Esgrima La Plata, por penales después de empatar 2 a 2 en los 90 minutos. En ambas ocasiones la instancia alcanzada fueron los cuartos.
Desde la temporada 2017 hasta la edición pasada se vio lo peor del club. Derrotas contra equipos de la B y hasta con otros que militaban en el Argentino A. Deportivo Morón, Temperley, Estudiantes de San Luis y Racing de Córdoba fueron los verdugos del elenco de Boedo. En los último dos casos es aún peor ya que la derrota ocurrió en el debut del torneo, en los 32avos de final. En 2021 perdió nuevamente contra Defensa y Justicia por los 16avos.
Hoy el equipo de Rubén Darío Insúa hace su debut frente a Sarmiento de Resistencia, un rival que se encuentra en el Torneo Federal A, pero que ya sabe lo que es jugar este torneo: en 2018 dejó en el camino a equipos como Racing y Unión de Santa Fe. Alcanzó los cuartos de final donde fue derrotado por River 3 a 1.
El presente que tiene San Lorenzo es otro a comparación con los anteriores años, cuando deambulaba por los últimos puestos en el torneo local: el equipo marcha primero en la Liga Profesional con una confianza altísima en los jugadores y un técnico del riñón del club como Rubén Darío Insúa que está afianzado en su cargo. Hoy, desde las 21 en el estadio Brigadier General Estanislao López, en Santa Fe, el Ciclón buscará arrancar con el pie derecho una competencia esquiva.
